Farmasötik Mikrobiyoloji, insanlarda enfeksiyona neden olan mikroorganizmaların özelliklerini, bu mikroorganizmaların neden oldugu hastalıkları ve bu hastalıkların tanısında kullanılan mikrobiyolojik yöntemleri inceler. Antimikrobiyal ajanlar ve mikrobiyal kaynaklı ürünlerin üretimi, kalite kontrolü ve kullanımının yanı sıra sterilizasyon-dezenfeksiyon yöntemleri ve genel hijyen gibi konuları da içermektedir.